پناهگاه در Assassin’s Creed Shadows یکی از بزرگترین تغییرات گیم‌پلی است. برخلاف نسخه‌های قبلی، این اولین باری است که Ubisoft به بازیکنان آزادی کامل برای ساخت و تغییر پناهگاه می‌دهد. پس از اتمام پروولوگ، بازیکنان می‌توانند به پناهگاه در دره Izumi Settsu دسترسی پیدا کرده و آن را طبق میل خود توسعه دهند.
برای گسترش پناهگاه، بازیکنان باید منابعی مانند چوب و مواد معدنی جمع‌آوری کنند، که از طریق سیستم مارک‌گذاری برای جمع‌آوری منابع بزرگتر به دست می‌آید. همچنین، بازیکنان باید برای ارتقا، از پول بازی (Mons) استفاده کنند.
ساختمان‌های مختلف در پناهگاه تأثیر زیادی بر گیم‌پلی دارند و بازیکنان با ساختن آن‌ها، به تدریج پناهگاه خود را تبدیل به خانه‌ای واقعی می‌کنند. هر ساختمان و اتاق ویژگی‌های خاص خود را دارد که به بهبود زیبایی‌شناسی و گیم‌پلی کمک می‌کند.
یکی از بهترین ویژگی‌ها، سفارشی‌سازی محیط است. بازیکنان می‌توانند با آزادی کامل، نمای خارجی و داخلی پناهگاه را طراحی کنند، از جمله اضافه کردن گیاهان، حصارها و مسیرهای مختلف.
در مجموع، این ویژگی‌ها باعث می‌شود Assassin’s Creed Shadows جذاب‌ترین و قابل بازی دوباره‌ترین نسخه این سری باشد.
